Yunus aleyhisselam, Allahü Teala tarafından Asur medeniyeti merkezlerinden Ninova ahalisini doğru yola davet için memur edilmişti. Ninovalılar büyük bir şer ve fesad içerisinde olduklarından Allah'ın elçisinin sözlerine kulaklarını tıkadılar. Hz. Yunus bunun üzerine çok gadaplandı, kızdı ve Allahü Teala'dan izin gelmesini beklemeden orayı terkedip kaçtı, Yafa'ya geldi, sahiplerinin Tersis'e gitmek istedikleri bir dolu gemi buldu, ücretini verdi ve gemiye bindi. Yolculuk devam ederken büyük bir fırtına koptu, dalgalar çoğaldı; gemi batacak hale geldi. Gemiciler telaşa kapıldılar, gemiyi hafifletmek için ağır eşyaları denize atmaya başladılar. O sırada Yunus aleyhisselam da geminin altına inmiş uykuya dalmıştı. Kaptan durumdan haberdar edip «Rabbına dua et, ola ki bizi bu halden kurtarır da helak etmez» dedi. Gemidekiler, 'bize bu felaket kimin sebebiyle geldi? Bunu bilmek için aramızda kur'a atalım', dediler, Atılan kur'a Hz. Yunus'a düşmüştü, bunun üzerine; «Anlat bize, sen ne yaptın, nereden gelip nereye gidiyorsun, hangi köyden hangi soydansın?» dediler. O vakit onlara «Ha ben karayı ve denizi yaratan göklerin ilahı Rabbın kuluyum» dedi ve başından geçen hadiseyi anlattı. Onun üzerine gemidekiler çok korktular ve «Niye öyle yaptın?» diye kendisini ayıpladılar. Sonra ona, «Bu denizin durulması için sana ne yapalım?» dediler. Yunus aleyhisselam da «Beni denize atın fırtına durur, çünkü bu büyük fırtına benim için oldu» diye cevap verdi. Adamlar buna rağmen gemiyi karaya çekmek istediler, muvaffak olamadılar. Nihayet Hz. Yunus'u tuttular, gemide bulunanların kurtulması için kendi rızasıyla denize attılar, derhal deniz duruldu. Ve büyük bir balık, Allahü Teala'nın emriyle Hz. Yunus'u yuttu.
Yunus aleyhisselam balığın karnında hatasını anladığı, Rabbından izin almadan kavmine kızıp kaçtığı için kendini çok ayıplıyor, kınıyor, pişman oluyor; «Allahım, senden başka ilah yoktur, tesbih ancak sanadır, muhakkak ki ben haddini aşanlardan oldum.» diye nida ediyordu. Fakat sadece burada değil, öteden beri Rabbına tesbih ile zikredicilerden olduğu için balığın karnında üç gün üç gece kaldı ki, bu Allahü Teala'nın bir peygamberini hapsedişinin bir ifadesiydi. Allahü Teala'yı öteden beri teşbih ettiği için mahlukatın tekrar diriliş gününe kadar burada kalması mümkün iken, kalmadı ve böyle kısa bir müddetten sonra yine Allahü Teala'nın emriyle balık tarafından açık, boş bir sahaya bırakıldı.
Yunus aleyhisselam balığın karnından karaya çıktığı zaman hasta bir halde idi ve Allahü Teala kendisine bir siper olarak, üzerinde bal kabağı cinsinden bur bitki bitirdi, orada istirahat etti. Daha sonra kaçtığı kavmine hakkı bildirmesi için tekrar memur edildi ki, onların nüfusu yüz bini geçiyordu. Hz. Yunus kavmini Allah'ın azabını haber vererek imana davet etti. Onlar da bunun üzerine yeis halinde iman ettiler ve bir zamana kadar ömür sürdüler.
Hz. Yunus kıssasında dikkate şayan bir husus vardır ki, o da yeis halinde imanın makbul geçmesi, yalnız Yunus aleyhisselamın kavmine mahsus olmasıdır.